Dans une grande casserole, chauffer le beurre à feu moyen. Y ajouter les oignons et les échalotes, et cuire pendant environ 30 minutes jusqu'à ce qu'ils soient bien dorés. Brasser régulièrement et, 5 minutes avant la fin de la cuisson, ajouter l'ail.

Ajouter la farine et la muscade et cuire 1 minute.

Déglacer avec la bière et porter à ébullition.

Préchauffer le four à 180 °C (350 °F).

Ajouter le bouillon, le thym et les feuilles de laurier. Saler et poivrer au goût. Amener à ébullition et laisser mijoter pendant environ 25 minutes.

Pendant ce temps, faire griller les cubes de pain au four pendant environ 10 minutes. Les retirer du four.

Préchauffer le gril du four (broil). Répartir la soupe dans six bols allant au four. Déposer quelques croûtons sur chaque bol et garnir de fromage. Passer sous le gril 1 ou 2 minutes, jusqu'à ce que le fromage soit grillé.